Para conseguir isso, basta removê-los de /usr/share/applications . Abra um terminal ( ctrl + alt + t ) e navegue para o diretório por:
cd /usr/share/applications
Não encontre os arquivos .desktop correspondentes e remova-os (eu recomendo que você os leve para algum outro lugar para backup, caso contrário eles desaparecerão para sempre e talvez seja necessário fazer uma remoção completa e uma nova instalação para recuperá-los ), no entanto, heres o comando para removê-los:
sudo rm <application>.desktop
Se você quiser movê-los, use este comando:
sudo mv <application>.desktop /path-to-a-backup-folder/
Observação: você precisará reinicializar para que essas alterações entrem em vigor