Os sistemas operacionais, o Windows e o Ubuntu são independentes uns dos outros. A diferença depois de instalar o Ubuntu é o gerenciador de inicialização. O gerenciador de inicialização carregará o sistema operacional e, a partir daí, estará em dia com a configuração do sistema operacional e como ele se comportará.
O Windows não pesquisa a partição do Ubuntu durante a execução, porque o Windows não consegue ler o sistema de arquivos do Ubuntu. Enquanto o Ubuntu pode pesquisar (ler) a partição do Windows, isso não acontece. Ele lê a configuração do Ubuntu a partir da partição instalada do Ubuntu. Fazer alterações no Windows não afetará sua partição e vice-versa.
O resultado é que você terá que descrever seu problema do Windows para um grupo de suporte do Windows. Tenha em mente que, se você mencionar o Ubuntu, poderá confundir o problema. Eles podem dizer que você está tendo um problema por causa do Ubuntu (uma dedução similar que você inferiu).
Você pode configurar como o Windows é padronizado enquanto o Windows está em execução. Os gurus do Windows irão ajudá-lo com esta configuração. Se você estava tendo problemas com os padrões no Ubuntu, este seria o ritmo em que os gurus do Ubuntu ficam.
Verifique um grupo como o link para obter ajuda sobre como configurar os padrões do Windows com assuntos como sons e comportamento do mouse.