Parece ser um bug, já que tive uma situação semelhante, "corrigida" por meio de uma senha incorreta (senha da conta principal). Também quanto tempo você tem instalado antes de aparecer o prompt? EDIT: Oh parece que você já disse que você criptografou casa, oops. : P
EDIT2: Aconteceu depois de um tempo usando meu PC depois de recuperar minhas partições com testdisk, depois de deletar minha tabela de partições por acidente, lol. Você também verificou que os checksums da sua cópia do Ubuntu correspondem ao site?
EDIT3: Isso. Veio. De volta. :( Por uma vez isso é, mas ainda estranho.