Acho que você poderia fazer uma tarefa do cron com o comando apt-get install pkg , em que pkg é o pacote que você deseja atualizar.
Se você quiser atualizar todos os pacotes em um determinado repositório, consulte aqui .
Eu gostaria de configurar a atualização automática de alguns pacotes usando upgrades autônomos. Mas eu não consegui encontrar o porquê específico apenas os pacotes que eu quero. O arquivo /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades tem uma opção Blacklist e Allow-Origin que atualizam todos os pacotes.
Existe alguma maneira de atualizar apenas os pacotes necessários.