variável PATH para arquivos executáveis recém-instalados

Question

Estou instalando uma série de programas para fins de bioinformática; Estou instalando as pastas desses pacotes em /usr/local/lib/ e criando links para os arquivos executáveis em /usr/bin/ , portanto, espero tê-los visíveis no ambiente. Mas quando eu digito os executáveis no terminal, os comandos não são reconhecidos, então eles não estão no ambiente.

Eu também modifiquei o /home/userName/.bashrc com a linha:

export PATH=$PATH:/usr/bin/

mas ainda sem sorte; por exemplo, para o programa bowtie2 , contido na pasta /usr/local/lib/Bowtie , escrevi:

/usr/local/lib/Bowtie$ bowtie2 --version
The program 'bowtie2' is currently not installed. You can install it by typing: 
sudo apt-get install bowtie2

mesma coisa quando eu abro o terminal na pasta padrão name@userName:~$ . Eu não tenho realmente claro como modificar esse ambiente PATH; na ajuda on-line parece simples, mas não consigo fazer isso funcionar.

Como posso modificar o ambiente de forma que os executáveis recém-adicionados possam ser acessados globalmente?

    

Answer 1

Primeiro de tudo, quando você tenta executar um executável cujo diretório você está, você deve adicionar ./ ao comando, por exemplo:

user@USER-PC:/usr/local/lib/Bowtie$ ./bowtie2

Então bash (suponho que você esteja usando o bash, mas muitos shells funcionarão assim) procurarão o executável no diretório atual, não no PATH. Para adicionar /usr/local/lib/Bowtie ao PATH, basta editar ~/.bashrc e adicionar export PATH=$PATH:/usr/local/lib/Bowtie . Desta forma, o bash procurará bowtie2 neste diretório.

Se você criou um link para bowtie2 dentro de /usr/bin e o bash não o reconhece, provavelmente bowtie2 não está marcado como executável. Abra um terminal e execute:

sudo chmod +x /usr/local/lib/Bowtie/bowtie2 

e veja se isso resolve o seu problema.