O que você pode usar é a opção -geometry para o atalho nautilus .
Por exemplo, eu poderia definir Super + E (que é o mesmo que o atalho do Windows para abrir "Meu Computador") para nautilus --geometry 250x250+0+0 . A opção geometry está definida em man X page como WIDTH+HEIGHT+XOFFSET+YOFFSET . +/- pode ser usado e man page define os cantos como:
+ 0 + 0 canto superior esquerdo.
-0 + 0 canto superior direito.
-0-0 canto inferior direito.
+ 0-0 canto inferior esquerdo.
Com o terminal, isso é um pouco diferente porque gnome-terminal trata a opção de geometria como em linhas por colunas. Então, gnome-terminal - geometry="250x250 + 0 + 0" 'abrirá uma janela que é horrivelmente grande.
O que você também pode fazer é alterar os arquivos .desktop na pasta /usr/share/applications , particularmente a linha Exec= para ter a opção de geometria, para que os ícones do lançador também possam gerar janelas com tamanho específico