A partir do Chromium 16, atualmente há problemas de construção com o NaCl no Ubuntu. Acredito que isso tenha algo a ver com a compilação do Chromium com o wrapper de proteção da segurança do Debian. Um bando de bugs do launchpad foram arquivados semi-relacionados a isso, mas eu acho LP # 882942 é o principal triagem para o NaCl no Cromo.
Infelizmente, isso significa que, se você quiser usar o NaCl no Ubuntu, deverá instalar a compilação do Google Chrome oficial.