Já resolvi esse problema implementando a solução de aqui . O problema é relacionado ao proxy e ao executar o seguinte comando agora eu posso conectar-me ao ftp usando o nautilus.
gsettings set org.gnome.system.proxy autoconfig-url ''
gsettings set org.gnome.system.proxy ignore-hosts ['localhost', '127.0.0.0/8']
gsettings set org.gnome.system.proxy mode 'none'
gsettings set org.gnome.system.proxy use-same-proxy false
gsettings set org.gnome.system.proxy.ftp host ''
gsettings set org.gnome.system.proxy.ftp port 0
gsettings set org.gnome.system.proxy.http authentication-password ''
gsettings set org.gnome.system.proxy.http authentication-user ''
gsettings set org.gnome.system.proxy.http enabled false
gsettings set org.gnome.system.proxy.http host ''
gsettings set org.gnome.system.proxy.http port 8080
gsettings set org.gnome.system.proxy.http use-authentication false
gsettings set org.gnome.system.proxy.https host ''
gsettings set org.gnome.system.proxy.https port 0
gsettings set org.gnome.system.proxy.socks host ''
gsettings set org.gnome.system.proxy.socks port 0
Para torná-lo permanente, altere a configuração do proxy nas configurações do sistema > redes > proxy para usar proxy manual e aplicar sistema amplamente.