A janela está maximizada ou em tela cheia? E o seu sistema está atualizado? A questão a qual você se vinculou é a partir de abril de 2014, portanto, minha opinião é de que esse pode ser um bug antigo que foi corrigido com uma atualização para o Unity. Estou executando o 14.04 com o Unity e nunca tive esse problema. Meu outro palpite é que você está perdendo um driver. Se for um problema de driver, tente atualizar ou reinstalar o driver gráfico.