Tive exatamente o mesmo problema (com a mesma fonte), parece que sua captura de tela inferior usa "hintsfull", enquanto a parte superior usa "hintslight" (que eu prefiro)
Eu corrigi o problema usando o seguinte ~ / .Xresources
Xft.dpi: 96
Xft.lcdfilter: lcddefault
Xft.antialias: true
Xft.autohint: true
Xft.hinting: true
Xft.hintstyle: hintslight
Xft.rgba: rgb
Para referência, eu também uso o seguinte ~ / .gtkrc-2.0
gtk-theme-name="Ambiance"
gtk-icon-theme-name="ubuntu-mono-dark"
gtk-font-name="Ubuntu 11"
gtk-cursor-theme-name="DMZ-White"
gtk-cursor-theme-size=24
gtk-toolbar-style=GTK_TOOLBAR_BOTH_HORIZ
gtk-toolbar-icon-size=GTK_ICON_SIZE_LARGE_TOOLBAR
gtk-button-images=0
gtk-menu-images=0
gtk-enable-event-sounds=1
gtk-enable-input-feedback-sounds=0
gtk-xft-antialias=1
gtk-xft-hinting=1
gtk-xft-hintstyle="hintslight"
gtk-xft-rgba="rgb"
Alternativamente, você também pode executar o Xmonad sob o Gnome (neste caso, o Gnome controla o AA e você não precisa mexer com arquivos de configuração), pois ele é bastante documentado, mas para mim, ele acaba com o propósito de ter um WM ultra-leve.