Ele costumava acontecer comigo, estranhamente foi resolvido por si só. A única coisa que eu posso imaginar é que o meu arquivo sources.list (espelho de atualizações) ainda estava apontando para espelhos japoneses enquanto eu estava em outro país, quando eu vim de volta ao Japão, nunca ocorreu, eu tinha Ubuntu 14.04, talvez você possa tentar 15.10 quando o lançamento, já que ocorre com freqüência, eu aconselho você a voltar para 14.04 se você não consegue encontrar uma boa solução