Às vezes, também tenho problemas de permissão inexplicáveis com o Nautilus - especialmente em sistemas de arquivos que não são unixoid (NTFS ou CIFS). Nestas situações, costumo recorrer à linha de comando. Para copiar uma árvore de diretório inteira recursivamente, você precisa emitir:
cp -R [SOURCE] [DESTINATION]
Como alternativa, você pode tentar outros gerenciadores de arquivos, como Thunar ou Dolphin .