O GRUB está instalado no setor de inicialização da partição Linux (sda5, por exemplo) ou no MBR (primeiro setor da unidade física = sda)?
No primeiro caso, o GRUB nunca obtém controle do MBR.
Parece que EasyBCD é o que você precisa.
Dê uma olhada na documentação oficial do Ubuntu, se você quiser obter mais conhecimento sobre isso: link