Se realmente estivermos falando sobre um ícone na bandeja do sistema, a única resposta possível seria o fato de que a unidade (abaixo de 14.04) não está mostrando os ícones da bandeja do sistema.
A única coisa que funciona é adicionar um PPA especial e buscar a "unidade" de lá. Esta versão da unidade é corrigida (basicamente é a última unidade + o código para mostrar a bandeja do sistema ... a parte que foi removida pela Canonical).
Você pode tentar:
sudo apt-add-repository ppa:gurqn/systray-trusty
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Reinicialize (ou faça logout e faça login novamente).
O único problema: pode acontecer que o PPA oficial tenha versões mais recentes de unidade; e se você não prestar atenção, a versão mais nova é instalada em algum momento; e whoops, próximo login ... bandeja do sistema se foi novamente.