Não sei por que isso acontece depois de 2 ou 3 suspensões. Curto de correr
tail -f /var/log/syslog
antes e depois de uma suspensão ruim, será difícil dizer.
Eu acredito que você pode, no entanto, executar
compiz --replace
de um terminal para consertar os problemas da sua janela (funcionou para mim no passado, às vezes, ao acordar da suspensão eu não tenho as bordas da janela para clicar / fechar / minimizar).
Tente obter um registro de pré e pós para que possamos analisar isso e descobrir o que está errado quando a suspensão causa isso.