Primeiro, verifique se ele está tentando inicializar a partir do disco rígido. Segundo, certifique-se de que o grub esteja realmente instalado no mbr e não apenas na partição em que você tem o Ubuntu. Terceiro, você não precisa de uma partição ntfs vazia para poder inicializar, e em máquinas que usam bios você não precisa de uma partição efi