Ao criar um arquivo .VDI, você criou um contêiner virtual para manter o sistema operacional da sua máquina virtual.
Este contêiner será apresentado ao instalador do Ubuntu como um disco rígido pronto para formatação e instalação do sistema operacional. Como você provavelmente só tinha anexado um drive virtual à sua máquina, ele é apresentado como /sda
no Ubuntu da sua máquina virtual.
Na instalação, o arquivo VDI somente será particionado e formatado. Somente se você tiver anexado uma partição real à sua máquina virtual, será necessário se preocupar com os dados nessa partição. Este é um processo mais complicado. Isso não será feito por padrão a partir de uma instalação suportada por GUI de uma máquina virtual no Virtual Box.
Veja também Como instalar o Ubuntu no VirtualBox?