Aqui estão os dois casos que experimentei ao usar um SSD e um HDD:
Windows + Ubuntu Case - Estou supondo que você tenha o Windows no SSD, que está ocupando parte do espaço de 32 GB, e o 500 é usado para armazenar outros arquivos. Então, a melhor coisa seria, se você é capaz de obter a partir do SSD, pelo menos, 8 GB para 16 GB é instalar o Ubuntu no SSD (Compartilhe com o Windows), mas uma vez que você terá apenas uma pequena quantidade de espaço, você precisa começar a mover arquivos pesados para o HD de 500 GB ou definir o /home em uma partição nos 500 GB (algo como 100 GB ou mais). Então, seria algo parecido com isto:
SDA (32 GB SSD)
/sda1 - Windows
/sda2 - Windows Boot or something Windowish
/sda3 - Ubuntu (With or without /home)
/sda4 - Swap
SDB (500 GB HDD)
/sdb1 - Huge backup space
/sdb2 - Ubuntu "/home" in case you want to download torrents, music, videos, games and not worry about going out of space for a while.
Caso Único do Ubuntu - Se você quiser apenas usar o Ubuntu, então instale-o no SSD pela mesma razão que o cenário do Windows + Ubuntu. A velocidade que o SSD oferecerá economizará tempo ao inicializar, carregar arquivos do sistema e muito mais. É claro que 32 GB não é muito se você começar a baixar arquivos enormes, mas, novamente, você tem espaço suficiente para mover arquivos para os 500 GB sempre que sentir que tem pouco espaço.
O benefício em geral de ter o sistema de arquivos raiz / no SSD é o aprimoramento de velocidade que o SSD oferecerá ao processo de inicialização, aos arquivos do sistema e muito mais. O único limite é a quantidade de arquivos que você irá adicionar, a maioria dos quais será encontrada no /home . Então, no final, se você usar muitos arquivos ou baixar muitos arquivos, seria melhor colocar /home no HD de 500 GB e o sistema no SSD.