Eu tive um problema semelhante e postei uma pergunta aqui: Erro de sincronização do arquivo ( AUTH_FAILED) .
Consegui descobrir uma correção por conta própria, mas isso não me deixa responder à minha própria pergunta ainda. :)
Existe um programa chamado ubuntu-sso-login-qt que se encontra em c: \ Program Files (x86) \ ubuntuone \ dist. Eu corri isso, disse para entrar com a minha conta existente, em seguida, reiniciei o painel de controle do Ubuntu One. Tudo está feliz novamente.
Espero que isso ajude.