EFI é uma maneira de inicializar sistemas operacionais, como o BIOS. De modo geral, o Windows inicializará usando o BIOS, enquanto o Mac e o Linux inicializarão usando o EFI (ou UEFI). Acredito que agora você pode fazer com que o Windows inicialize usando o EFI também (e também é possível inicializar o Linux usando o BIOS), por isso não é tão simplista quanto eu estou sugerindo.
Se você puder inicializá-lo com a opção "EFI", mas não com a opção "Windows", use a opção "EFI".
Em relação a salvar arquivos, isso dependerá de quais arquivos você criará e como. Se você estiver usando a opção "Try it" do Ubuntu, então, desde que não esteja salvando os arquivos na unidade física, você estará bem. Assim que você reinicializar o computador (ou desligá-lo), esses arquivos desaparecerão.