Eu diria que o UbuntuOne funcionaria (eu não uso muito porque ele não funciona através de firewalls / proxies no trabalho). Mas denNorske tem razão , Dropbox poderia ser usado também.
Ele sincroniza arquivos na pasta ~ / Dropbox que cria, então para sincronizar arquivos que precisam permanecer fora desse local como arquivo de configuração, eu acredito que você pode criar links simbólicos para eles em ~ / Dropbox e o cliente Linux então sincronizar os arquivos corretamente. Crie esses links simbólicos em ambos os computadores para obter a sincronização desejada. A chave é determinar quais arquivos / pastas você precisa (o que talvez outra pessoa possa fornecer).
(A menos que sejam configurações do gconf ou em algum banco de dados que contenha mais do que apenas as configurações de compiz ou unidade - talvez você não queira sincronizá-las entre computadores e alterar mais do que apenas as configurações de compiz / unity.)