O verdadeiro culpado é o fato de que a extensão do PHP 5.4 GD não é compatível com a libgd (> = 2.1.0). Como o gd.so é uma extensão dinâmica, não é possível detectar os símbolos ausentes em tempo de compilação.
De qualquer forma, o php5-oldstable foi atualizado:
- libgd 2.1.x foi removido
- o novo php5 foi atualizado com dependência forçada na libgd 2.0.x
Por exemplo este bug foi corrigido no php5 5.4.17-5 + debphp.org ~ + 1 (alguns dists ainda estão sendo construídos no momento de escrever esta resposta).