Douggro atingiu o alvo! Alguns pdf's foram enviados de um computador Windows com mais de 190 caracteres. Por causa disso, o Dropbox no Ubuntu não pôde sincronizar esses arquivos. Para resolver o problema, eu editei os nomes dos arquivos dentro do Dropbox e então, ok! A sincronização dá certo!
Eu tive problemas semelhantes para sincronizar minha conta do Mendeley. Nesse caso, a solução foi um pouco mais complicada, porque Mendeley não suporta edição da web. Nesse caso, eu tive que mudar no meu computador windows os nomes e após a sincronização, a conta Mendeley poderia atualizar o arquivo no computador Ubuntu.