hmm, o quão quebrado é o Windows, você consegue chegar na tela de execução? Se for o caso, abra o console de gerenciamento de disco digitando diskmgmt.msc em um prompt de comando com privilégios elevados nas janelas que reduzirão as janelas com segurança sem danificar o wubi. Eu gosto de usar a magia parted mas baixar o gparted no modo live do Ubuntu também funcionaria.
Do que se tudo correr bem, você pode mover completamente o wubi para uma paródia real. Então, inicialize o live cd novamente, exclua a partição do Windows e torne a partição de sua casa maior comendo o espaço não alocado
===== Se o Windows não inicializar, tente extrair 5gb da partição do Windows no gparted ou partedmagic do que criar as duas partições, uma para o sistema de arquivos e outra para a swap