Você pode estar instalando alguns pacotes com conflitos com sua placa gráfica. Verifique quais upgrades você está instalando e desmarque os relacionados à aceleração gráfica.
Eu atualizei o Ubuntu 12.04 a partir de 11.10 e no começo eu não tive nenhum problema, mas depois de algumas atualizações quando eu iniciei o Ubuntu 12.04 a partir do grub congelado na tela inicial (a palavra UBUNTU com os pontos). Eu reinstalei 12.04 muitas vezes a partir do LiveCD e depois de algumas atualizações acontece o mesmo, incluindo a mensagem (antes da tela inicial) que a aceleração do Intel graphycs falhou
Você pode estar instalando alguns pacotes com conflitos com sua placa gráfica. Verifique quais upgrades você está instalando e desmarque os relacionados à aceleração gráfica.