Não sei se este é o mesmo problema que tive, mas encontrei esta solução que pode ajudá-lo.
Estou executando o Ubuntu 12.04 com o Wubi, Quando instalei o Ubuntu pela primeira vez, pude ver a tela inicial com os pontos piscando, mas depois de alguns dias ele desapareceu (tenho drivers da Nvidia instalados).
Eu procurei por aí e achei isso Habilitando o driver da Nvidia bagunça a tela inicial
será seguro editar o Grub como declarado lá (na instalação do Wubi) ?, e funcionará para 12.04?
Não sei se este é o mesmo problema que tive, mas encontrei esta solução que pode ajudá-lo.