Se você está tentando executar 2 sistemas, você deve ter 4 partições: uma para o Windows, uma para o Ubuntu, uma como uma área de Troca e outra para seus documentos. Isso deve mantê-los separados. Deve funcionar, porque o Ubuntu instala o gerenciador de inicialização sobre o antigo. Tem certeza de que você instalado corretamente? Se sim, você deve alterar o seu gerenciador de inicialização para GNU GRUB . Ele detecta todos os tipos de sistemas operacionais. Deve fazer o truque para você. Mas pesquise sobre o GRUB antes de tentar qualquer coisa, porque você não conseguirá restaurar o carregador de inicialização do Windows depois de aplicá-lo. Boa sorte.