É assim que você define os aplicativos padrão ...
Aponte e clique:
Clique com o botão direito no arquivo de texto que você deseja abrir, escolha Propriedades e, em seguida, abra com. Você deve encontrar o Emacs na lista de Software Recomendado. Clique no botão Definir como padrão.
Usando a linha de comando:
Se você deseja definir aplicativos padrão usando o terminal, use a ferramenta XDG.
xdg-mime default emacs23.desktop text/plain
Em seguida, tente abrir um documento de texto simples.
Se você deseja definir aplicativos padrão para o usuário atual, edite este arquivo:
~/.local/share/applications/mimeapps.list
Para editar manualmente as configurações globais, veja este arquivo:
/usr/share/applications/default.list
Edit: Obrigado a Oli como me fez ciente do XDG nos comentários abaixo da pergunta