A resposta é sim e não. Depende. Se você, por exemplo, criar três partições no seu pen drive USB assim:
- Partição 1 com o Ubuntu ao vivo
- Partição 2 para sua instalação do Wubi (essa partição será sobregravada toda vez que você instalar um novo Wubi)
- Partição 3 a ser definida como home
Nesse caso, se você definir a cada vez em todas as instalações do computador da mesma maneira, sua partição inicial não será afetada.
No entanto, eu recomendaria não usar o Wubi, mas uma instalação comum do Ubuntu (ou Xubuntu, ou mesmo do Damn Small Linux) no pendrive. Eu fiz o último uma vez e isso funcionou muito bem. Eu tive três computadores com o Microsoft Windows em cada disco rígido. Em cartões micro-SD eu tinha instalado 3 sistemas Linux: Debian Lenny, e em um pendrive flash de 8GB eu tive minha partição home com todos os meus projetos de dados e outras coisas. Quando eu precisei do Linux, eu apenas conectei o micro-SD card e minha partição home pendrive antes de inicializar, e eu teria uma distribuição Linux em pleno funcionamento. Tenho certeza que você poderia fazer o mesmo com Wubi.