No Ubuntu 16.04 e 16.10, é recomendável instalar o qutebrowser via tox para poder usar o novo back-end do QtWebEngine.
Supondo que você está usando uma das versões acima.
$ git clone https://github.com/qutebrowser/qutebrowser.git
$ cd qutebrowser
$ tox -e mkvenv-pypi
$ vim /usr/local/bin/qutebrowser
#!/bin/bash
~/path/to/qutebrowser/.venv/bin/python3 -m qutebrowser "$@"
/path/to/qutebrowser/
é o seu diretório atual. pwd
mostrará a você isso.
Agora você pode abrir o qutebrowser como qualquer outro aplicativo.