Sim, você pode, você pode até fazer do Ubuntu, primeiro
sudo apt-get install gparted
Agora execute este
sudo gparted
Agora encontre sua partição do Windows e clique com o botão direito do mouse e escolha excluir
Agora clique em apply e o Windows terá desaparecido, o Ubuntu estará intacto e você poderá fazer o que quiser com a partição vazia.