Como seu caso de uso é ter drivers da NVidia disponíveis o tempo todo, o mais fácil para você é remover o Bumblebee:
sudo apt-get purge bumblebee
sudo apt-get autoremove
Por precaução, verifique se você ainda tem o PPA xorg-edgers nas suas fontes:
grep --recursive --ignore-case xorg-edgers /etc/apt/* 2> /dev/null
(deve dar-lhe mais de 0 linhas) e instale os drivers da NVidia novamente:
sudo apt-get install nvidia-346
E você deve ser bom para ir de novo!