Este é um bug conhecido . Eu uso o xfce no arch linux e o que eu faço é editar o ~/.config/xfce4/panel/xkb-plugin-##.rc
e adicionar uma nova linha ou algo assim e funciona para algumas sessões. Outra correção temporária pode ser o que #31
sugere
1. Set the desired options in the plugin
2. Copy the ~/.config/xfce4/panel/xkb-plugin-##.rc to some other file e.g. ~/.config/xfce4/panel/goodxkb.rc
3. Add this command to a startup job:
sh -c "cp ~/.config/xfce4/panel/goodxkb.rc ~/.config/xfce4/panel/xkb-plugin-##.rc && pkill xkb"
(change the ## to your number)
A parte pkill é crucial para recarregar o plugin e sua configuração.