Sim, os convidados KVM (por exemplo, Windows ou OSX em execução no QEMU, usando o KVM) e o Docker (por exemplo, contêineres em execução do Docker CE) são executados ao mesmo tempo na mesma instância do Ubuntu.
Sua pergunta basicamente descreve minha carga de trabalho. Neste momento, estou executando dois emuladores do Android (usando aceleração de virtualização de hardware, que é o KVM no Linux), um convidado do Windows 10 QEMU, um convidado do OS X High Sierra QEMU e o Docker (instalado por essas instruções link ) com o exemplo hello world em execução, tudo ao mesmo tempo em um host do Ubuntu 18.04.
A explicação concisa porque funciona é que máquinas virtuais (QEMU, etc) no Linux usam um hypervisor (KVM no caso do QEMU, mas o Virtualbox e o VMWare usam hypervisores diferentes) para usar os recursos de hardware do seu computador, enquanto o Docker usa o linux namespaces para simplesmente usar os recursos de hardware disponíveis no kernel atualmente em execução, mas segregados do sistema operacional principal.
Dessa forma, os convidados do KVM e o Docker, na verdade, executam usando tecnologias separadas e realmente não se inter-relacionam entre si no nível do kernel. Isso está em contraste com o caso em que você tenta usar hypervisors diferentes (por exemplo, QEMU + KVM e VirtualBox) ao mesmo tempo - isso não funciona, pois você só pode executar um tipo de hipervisor de cada vez (embora possa executar vários VMs de cada tipo de hipervisor).
Há excelentes explicações sobre os detalhes da tecnologia aqui: link