É improvável que um problema de permissão com seus arquivos acione esse problema.
Por favor, verifique a saída de dmesg
se houver alguma mensagem relacionada às condições de falta de memória.
Você sabia que o Mathworks fornece seu próprio site Q-and-A para o matlab ?, ele é chamado de "MATLAB Answers" e está disponível no link
Talvez você tenha melhor suporte por lá.