Um programa do Windows com um vírus anexado permanecerá inativo no seu sistema Ubuntu. Se você abrir o programa do Windows no wine e executá-lo, ele não deverá prejudicar o Ubuntu. Não abra vinho do terminal com vinho sudo, porque isso dá ao vinho direitos explícitos em seu sistema.
Você pode tentar clamav para verificar os arquivos do Windows antes de usar também.