Parece que você precisa de aspas duplas para fazer esse sinalizador funcionar, ou seja, Exec=/usr/bin/google-chrome "--force-device-scale-factor=2" %U
.
Além disso, faça logout e login novamente e verifique se o cromo está dimensionado corretamente. No meu caso, essa abordagem funciona perfeitamente no Ubuntu 18.04.