/usr/bin de qualquer maneira). Pelo contrário, é porque o pacote Atom LaTeX requer latexmk , o que não faz parte da distribuição texlive.
Portanto, a solução parece ser a de instalar o pacote latexmk , usando o Software Center ou o terminal usando sudo apt install latexmk . Você deve ser capaz de deixar a configuração Tex Path do pacote Atom LaTex vazia.