Por padrão, o Monitor do Sistema exibirá apenas seus próprios processos. Você pode mostrar os processos do sistema selecionando Show -> All processes na barra de menu. O próprio Unity nunca apareceria na lista de processos, já que é apenas um plugin para o Compiz. Então, se o Unity fosse o problema, o Compiz mostraria um alto uso da CPU. Compiz 0,9 é mais lento que 0,8, isso é confirmado. Entretanto, não vejo razão para que a própria Unidade seja muito exigente, ou por que você pensaria assim.
11.04 e 11.10 foram duas versões muito especiais em que houve grandes mudanças no sistema subjacente. Por exemplo, meu laptop tinha uma duração de bateria de cerca de 5,5 horas em 10,04, 4,5 horas em 11,04 e 4 horas em 11,10. Eu atualizei para a versão de desenvolvimento do 12.04 (Precise Pangolin) e agora está de volta em cerca de 5,5 horas.
Tudo isso é para dizer que você não está imaginando isso. Especialmente 11.10 tem sido muito faminto por energia, e não há um único software a ser responsabilizado. O kernel do Linux também teve alguns problemas de energia, por exemplo. Minha área de trabalho parecia uma Harley Davidson em 11h10, mas não é completamente silenciosa novamente. Então, é um problema com 11.10 em geral, e 12.04 corrige em todos os meus computadores. Embora eu não queira recomendar que você atualize para ele ainda, pelo menos, deve ser reconfortante saber que ele provavelmente irá corrigir todos esses problemas, e que ele estará disponível em um futuro não tão distante.