Se você quiser evitar que apt-get upgrade
atualize determinado pacote, você pode "segurá-lo" da seguinte maneira:
Mantenha um pacote (não atualize):
sudo apt-mark hold <package-name>
desativar espera (pacote de atualização da maneira usual):
sudo apt-mark unhold <package-name>
para o MySQL:
sudo apt-mark hold mysql-server