A maneira mais fácil de trabalhar era criar manualmente pontos de montagem em /etc/fstab e montá-los em /mnt (ou em qualquer outro lugar, mas não em /media/ ). Se eles já estiverem montados em algum lugar, o Nautilus não deve incomodá-lo com as unidades.
Se você também adicionar noauto à opção de montagem dessas partições, ele também não será montado na inicialização, economizando um pouco de tempo.