O truque é ajustar as tabelas de roteamento (que não dependem da porta de destino ou do aplicativo de origem, mas dependem do host de destino). Isso pressupõe que você esteja no Linux ou no OS X (como as tags mostram).
Digamos que seu gateway padrão seja 1.2.3.4 e você tenha uma vpn que possa rotear o tráfego em 6.7.8.9. Se você quiser que seu tráfego de e-mail seja direcionado para o 6.7.8.9, faça
sudo route add mail.myserver.com 6.7.8.9
Algumas versões do percurso podem exigir uma palavra-chave "gw" entre o endereço e o próximo salto. Se você quiser fazer uma rota de toda a rede sobre o próximo salto, basta adicionar uma máscara de rede na notação CIDR para o destino, como
sudo route add 192.168.0.0/24 6.7.8.9
Se você quiser ver a tabela de roteamento existente, use
netstat -nrl
or
ip route list
Se você estiver no Windows, "net route" vai te levar até lá, mas a sintaxe é totalmente diferente.