Esta página do Google Developer detalha as diferenças entre aplicativos hospedados e empacotados. Em suma, a principal diferença entre eles é que os aplicativos hospedados são aqueles em que você está pensando (aqueles que exibem um site hospedado), e os aplicativos empacotados são aplicativos mais independentes (e incluem a maioria, se não todas, suas Arquivos HTML ou CSS, ou recursos).
Nos fóruns do WrongPlanet, havia uma página interessante que descreve algumas das razões pelas quais um desenvolvedor pode fazer um aplicativo hospedado >. Um dos motivos pelos quais a Apple no meu olho apontou foi:
It may technically be a website, but it functions indistinguishably from a normal non-web-browser app. Also, turning it into a shortcut strips away all the irrelevant browsers controls so that it looks like a normal app window.
NeantHumain continuou a discussão dizendo:
Google Chrome apps are just web apps written in HTML5 that take advantage of new features like canvas, video, SVG, WebGL, and a bunch of new APIs that can be accessed through JavaScript for everything from geolocation to offline storage to web workers for a sort of multithreading.
Assim, em outras palavras, parece que mais se passa no segundo plano de um aplicativo hospedado do que apenas exibindo uma página da web. Permite ao desenvolvedor ampliar a funcionalidade do site e ignorar algumas das restrições que um site normal pode encontrar.