Eu experimentei o mesmo problema. Respostas aqui e aqui indica que este é provavelmente um problema com o modo Edição rápida no console. Se interceptar cliques do mouse, ou se cliques forem passados erroneamente por meio do RDP, por exemplo, ele poderá interromper o script sem querer. Você pode clicar com o botão direito do mouse na barra de menu e editar as propriedades para desativar o modo Edição rápida. Isso, é claro, dificulta a cópia e a exclusão da janela do CMD.