Resposta breve
Não há problema em colocar um repo github de passagem.
Resposta detalhada
Seu repo de passagem é criptografado por GPG usando qualquer chave particular que você tenha selecionado, por isso é a prova de bala que a chave escolhida. Além disso, a sua chave privada não é armazenada no seu repo de aprovação. Isso significa que a localização privada versus pública de seus arquivos de senha criptografados não é o link fraco na segurança do gerenciador de senhas. Pelo contrário, é a chave privada com a qual você os criptografou, com a qual você precisa se preocupar.
Certifique-se de que é uma boa chave (como a que você mencionou) e não a exponha a ninguém, porque eles não precisarão usar a chave grande para usá-la. Eles só terão que abrir sua senha, e, vamos encarar, é realmente difícil ter certeza de que sua senha é boa o suficiente para parar todos .
Portanto, não deixe ninguém mais ver sua chave. Se você mover sua chave privada para cada um de seus computadores que usam o passe, você poderá simplesmente puxar o seu repositório de passagem do github e usar a chave privada armazenada nesses computadores individualmente. Agora todos ficarão sincronizados e seguros.
Mais duas coisas a considerar
O objetivo principal é manter suas senhas criptografadas. Se você não está certo com eles estarem no github.com, então o que você realmente está confiando é em sua localização privada e não em seu estado criptografado. Se for esse o caso, por que criptografar eles de alguma forma? Você poderia apenas usar os mesmos arquivos simples que passam usos, e não se incomodar em criptografá-los. Isso seria bem conveniente!
Além disso, lembre-se de que facilitar o uso do seu gerenciador de senhas significa que é menos provável que você queira / precise subvertê-lo. Toda vez que você tem que fazer o trabalho do passe para isso (por exemplo, redefinir uma senha em uma conta porque a senha segura foi gerada em um computador diferente e você ainda não sincronizou manualmente, mas precisa entrar agora), você está vai reduzir a segurança que fornece.