Desculpe por recuperar um thread antigo, mas imaginei que isso provavelmente ajudaria as pessoas que procuravam uma solução para esse problema:
Você pode substituir seu caminho JAVA_HOME diretamente em seu FlexSDK. Para fazer isso, navegue até a pasta 'bin /' do seu SDK (deve estar em 'C: \ Arquivos de Programas (x86) \ FlashDevelop \ Tools \ flexsdk \' se você permitir que o instalador do FD configure isso para você, caso contrário você provavelmente sabe onde está) e abra 'jvm.config'.