Eu tive exatamente o mesmo problema, mas em um Mac muito diferente, usando aplicativos X muito diferentes. O Mine é um Mac Pro de 2011, executando quatro monitores em duas placas de vídeo ATI Radeon HF 5770. Todo programa X que eu tentei teve o mesmo problema que você descreve.
Eu fiz a atualização para o Yosemite no meu MacBook, mas a versão do X era anterior (2.7.5 em vez de 2.7.7). Então eu levei o X11 no meu Mac Pro para baixo até 2.7.5 e então ele funcionou em três dos quatro monitores (2.7.7 deu o problema em todos os quatro).
Eu finalmente apaguei o arquivo ~/Preferences/org.macosforge.xquartz.X11.plist
para redefinir as preferências, e isso parece ter resolvido o problema completamente. Eu ainda não tentei isso com a mais nova versão do X11.