Este é um script que fiz no Linux Mint com XFCE para o mesmo tipo de configuração. Não usando o Xinerama. Minha configuração foi 1º retrato do monitor, 2ª e 3ª paisagem. Trabalhou como um encanto. A pausa de 5 segundos no início foi porque foi definida para iniciar com a sessão e, se foi executada muito cedo, não estava funcionando corretamente.
Note também que no meu exemplo específico, eu tive que alinhar as telas na parte inferior, uma vez que era mais alta do que as outras. Alinhar por cima não estava dando o comportamento esperado.
No final, usar o xrandr foi a única maneira de fazer com que ele funcionasse do jeito que eu queria.
Experimente com suas próprias configurações
#!/bin/bash
sleep 5
xrandr --size 5040x1920 --output HDMI-0 --mode 1920x1080 --pos 1200x840 --primary \
--output DVI-1-1 --mode 1920x1080 --pos 3120x840 \
--output DVI-0 --mode 1920x1200 --pos 0x0 --rotate left
Eu fiz um artigo no meu blog, no entanto, isso é em francês: