Tente executar:
ps -ef | grep apache
e observe a coluna mais à esquerda correspondente ao servidor Apache. Este é o usuário que está executando o Apache e também por herança PHP.
Altere a propriedade do diretório de upload para esse usuário e restrinja um pouco as permissões, por exemplo, se o usuário do servidor web era www-data que pertence ao grupo de mesmo nome (usando um caminho de amostra de /var/www/uploads ):
sudo chown www-data:www-data /var/www/uploads
sudo chmod 755 /var/www/uploads
(ou qualquer permissão que você queira nesta instância). Eu uso sudo nos comandos de exemplo - não sei exatamente como os sistemas EC2 são configurados a esse respeito para obter privilégios de superusuário.
Se você já enviou arquivos / diretórios, convém alterar a propriedade e as permissões deles também. Para fazer isso, passando de 777 para permissões mais razoáveis, você pode executar:
sudo chown -R www-data:www-data /var/www/uploads
sudo chmod -R 755 /var/www/uploads
sudo find /var/www/uploads -type f -exec chmod -x {} \;
Não execute "cegamente" comandos se você não entender cada parte deles. Verifique as páginas man se alguma coisa não estiver clara (deve ser bem direta).