Esse problema também estava me incomodando. Eu nunca uso a tecla Super para o menu iniciar, e abrir um terminal é muito mais importante para mim. Eu resolvi o aborrecimento abrindo o seguinte arquivo:
/usr/share/mint-configuration-xfce/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-keyboard-shortcuts.xml
Contém a seguinte linha:
<property name="Super_L" type="string" value="xfce4-popup-whiskermenu"/>
Eu alterei da seguinte forma:
<property name="<Super>m" type="string" value="xfce4-popup-whiskermenu"/>
E adicionamos outra linha abaixo:
<property name="<Super>t" type="string" value="xfce4-terminal"/>
(Não se esqueça de reiniciar o sistema operacional depois de fazer as alterações.)
Agora eu ainda posso abrir o menu iniciar se eu quiser via Super + M, mas a tecla Super não interfere mais com o Super + T. (Se você não precisa de um atalho para o menu iniciar, apenas remova a linha inteira).